Atomoi Fachverein

Software

Falsche Informationen? Kennst du weitere wichtige Software?
Bitte schreib uns doch einen einen Kommentar!

Allgemeine Campuslizenzen

Die Universität verfügt über eine Reihe von Lizenzen für Studierende und Angehörige der UZH. Viele davon sind auch für Studierende zugänglich. Weitere Informationen findet Ihr auf den Seiten des Informatikdienstes:

http://www.id.uzh.ch/dl/sw.html

Microsoft Windows

Die UZH nimmt am Dreamspark Programm (ehemals MSDNAA) von Microsoft teil, über das Studierende kostenfrei u.a. die aktuellen Windows Versionen beziehen können. Ein kostenloses Office Paket gibt es hier jedoch nicht. Der Einstieg in Dreamspark muss über die Seiten des Informatikdienstes der UZH (mit Eurem Shortname) erfolgen.

http://www.id.uzh.ch/dl/sw/campuslizenzen/microsoft_1.html

Cloud-Speicherdienst SWITCHdrive

Das Schweizer Wissenschaftsnetzwerk SWITCH bietet seit dem November 2014 einen eigenen Cloud-Speicher für alle Angehörigen der UZH an. Es basiert auf dem Owncloudsystem und garantiert die Speicherung aller Daten innerhalb der Schweiz. Die Grösse des Speichers liegt z.Zt. bei 25 GB. Zur Registrierung benötigt Ihr einmalig Euren Shortname – danach dient Eure universitäre E-Mail Adresse als Benutzername.
Eine Anmeldung ist dann über einen Browser oder mit Programmen für Win/Mac/Linux/iOS/Android möglich.
Direkteinstieg zu SWITCHdrive:

https://www.switch.ch/drive/

Statistiksoftware

OriginLab

http://www.originlab.de/index.aspx?go=Products/Origin

Beschreibung

Mit Origin können Messdaten (zumeist im CSV Format) importiert und ausgewertet werden. Die statistische Auswertung die mit Origin möglich ist, geht weit über die klassischen Funktionen in der Tabellenkalkulation hinaus und wird ab einem bestimmten Niveau auch in den Praktika benötigt. Auch das Plotten von Graphen ist in Origin deutlich sauberer zu lösen als in Excel, insbesondere bei mehreren und grossen Datensätzen.
Der Workflow ist jedoch grundlegend anders zu Tabellenkalkulationsprogrammen wie Excel. Eine Einführung in Origin wird in den Physikalisch-chemischen Praktika gegeben.

Lizenz

Das chemische Institut hat eine begrenzte Anzahl an Lizenzen. Das Installationsprogramm kann von Servern der Physikalisch-chemischen Arbeitsgruppen heruntergeladen werden. Für die Benutzung muss eine aktive VPN Verbindung zur Universität bestehen oder innerhalb der letzten sieben Tage bestanden haben (während Origin lief).

 

Verfügbar für

Win

SciDAVis

 http://scidavis.sourceforge.net/

Beschreibung

SciDAVis ist eine frei entwickelte Statistiksoftware, die sich in Funktionalität und Interface an Origin orientiert. Wer sich mit Origin oder SPSS auskennt, findet sich auch in SciDAVis zurecht. Genau wie bei Origin ist der Workflow jedoch deutlich unterschiedlich zu Excel und erfordert Einarbeitung.

Lizenz

Freie und Open-Source Software

Verfügbar für

Win/Mac/Linux

Molekülzeichenprogramme

ChemDraw

https://www.cambridgesoft.com/Ensemble_for_Chemistry/ChemDraw/

Beschreibung

Mit Chemdraw können Moleküle und Reaktionsgleichungen relativ einfach gezeichnet werden.
Das Chemie Institut hat eine Lizenz für ChemDraw Pro, die auch von den Studenten genutzt werden kann. Eine erweiterte Ultra Version ermöglicht die Simulation von 1H und 13C NMR Spektren, ist aber nur auf wenigen Computern in der Universität installiert und generell nicht für den Einsatz im Praktikum vorgesehen.
Eine genaue Anleitung findet sich auf den Praktikumsseiten

http://www.chem.uzh.ch/bienz/lecture/gpc/Files/Intro_cdraw.pdf

Lizenz

Mit einer uzh E-mail Adresse kann die Pro-Version bezogen werden über:

http://sitelicense.cambridgesoft.com/sitelicense.cfm?sid=47

Verfügbar für

Win/Mac

Avogadro

http://avogadro.cc/wiki/Main_Page

Beschreibung

3D-Zeichenprogramm für Moleküle. Bietet auch erweiterte Funktionen wie Geometrieoptimierung in Kraftfeldern und die Generierung von Input-Files für z.B. GAMESS.

Lizenz

Freie und Open Source Software

Verfügbar für

Win/Mac/Linux

http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/

Gamess

Beschreibung

3D-Zeichenprogramm für Moleküle mit etwas angestaubter Graphik. Es dient vorallem der Generierung von Input-Files für GAMESS und bietet die grösste Funktionalität für diese Input-Files (wird auch in der gleichen Gruppe entwickelt wie GAMESS).

Lizenz

Frei downloadbar von der Homepage

Verfügbar für

Win/Mac/Linux

NMR Auswertung

Die NMR-Daten sind zunächst nur am jeweiligen NMR Gerät verfügbar an dem gemessen wurde und müssen daher von dort auf lokale Verzeichnisse oder Netzwerklaufwerke kopiert werden.
Für die Auswertung benötigt Ihr im Prinzip nur die Free-Induction-Decay Datei (*.fid) oder bei 2D-Spektren die *.ser Datei mit den Rohdaten, die Ihr in eurem Ordner mit dem Probennamen auf den NMR-Geräten oder der Plotstation finden könnt. Für eine vollständige Dokumentation empfiehlt es sich den gesamten Messordner, nicht nur die einzelne Datei zu kopieren.
Dies kann an der NMR-Plotstation oder anderen im Uni-Netzwerk dafür freigegebenen Rechnern erfolgen.
Alternativ ist an der Plotstation auch Internet verfügbar, sodass nach der Kopie in ein lokales Verzeichnis, der gesamte Ordner komprimiert und als Anhang per E-Mail verschickt werden kann.

Die im Praktikum häufig automatisch ausgedruckten Spektren sind nicht für Laborprotokolle geeignet, da die Integrale in den meisten Fällen nicht chemisch korrekt interpretiert sind und Multiplizitäten nicht gut zu erkennen sind. Sie dienen lediglich der kurzen Übersicht oder der Reaktionskontrolle.

Es ist daher unumgänglich die NMR Daten selbst aufzubereiten und zu interpretieren. Hierzu gibt es eine Vielzahl von Programmen:

http://nmrwiki.org/wiki/index.php?title=NMR_Software

 

Topspin

http://www.bruker.com/products/mr/nmr/nmr-software/software/topspin/overview.html

Beschreibung

Die NMR Geräte an der UZH sind zum grossen Teil von Bruker. Die Steuerung der Geräte und die Auswertung erfolgt über TopSpin. Die vom Institut für Chemie lizensierte Software ist auf der NMR Plotstation und den Computern im Aufenthaltsraum der OCP/ACP Labore zu finden.

Lizenz

Keine Version für Studierende verfügbar.

Verfügbar für

Win/Mac/Linux

MNova

http://mestrelab.com/software/mnova/nmr/

Beschreibung

MestreNova bietet die gleichen Funktionen wie TopSpin ist aber intuitiver zu bedienen. Es ermöglicht den Import von verschiedenen Dateiformaten unterschiedlicher Hersteller von NMR Geräten (Bruker, Varian etc.) und gilt als eines der funktionsreichsten NMR Programme.

Lizenz

Die Universität Zürich verfügt, im Gegensatz zu vielen anderen Universitäten weltweit, nicht über Campuslizenzen für MestreNova Anwendungen. Eine zeitlich beschränkte Testversion kann von der Homepage des Herstellers heruntergeladen werden.

Verfügbar für

Win/Mac

Spinworks

http://home.cc.umanitoba.ca/~wolowiec/spinworks/index.html

Beschreibung

SpinWorks ist eine freie Alternative zu anderen meist kommerziellen Programmen und wurde erst kürzlich aktualisiert.

Lizenz

Freie Software

Verfügbar für

Win

MS Auswertung

MMass

http://www.mmass.org/

Beschreibung

Mmass ermöglicht sowohl das Auswerten von Rohdaten aus der Massenspektrometrie (im Praktikum nicht erforderlich), als auch die Simulation von Spektren mit Isotopenmustern anhand der Summenformel.

Lizenz

Freie und Open Source Software

Verfügbar für

Win/Mac/Linux

Bioinformatik Software – Sequencing

CLCBio

http://www.clcbio.com/

Beschreibung

Für die Biochemie stehen zum Auswerten von DNA, RNA oder Protein Sequenzen einige Lizenzen für das Allround Tool CLC Main Workbench zur Verfügung. Auch das Primer Design und in silico Cloning sind möglich.

Lizenz

Eine begrenzte Anzahl Netzwerklizenzen stehen auch für Studierende zur Verfügung. Eine Verbindung zum Uni-Netz ist ständig erforderlich (VPN). Eine genaue Anleitung zur Einrichtung findet sich auf den Seiten des IMLS:

https://www.uzh.ch/cmsssl/imls/services/intsvc/itsup/biosoft/clc.html

Verfügbar für

Win/Mac/Linux

Proteindarstellung

Proteinstrukturen sind zumeist als *pdb Files verfügbar. Viele sind von der Protein Datenbank herunterladbar:

http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do 
 
Pymol

http://www.pymol.org/

Beschreibung

Der Quasi-Standard für die Darstellung von Proteinstrukturen.
Liefert nach einiger Eingewöhnungszeit druckfähige Bilder und Animationen von Proteinen.

Lizenz

Open-Source und Frei für Studierende/Lehrende

Verfügbar für

Win/Mac/Linux

Chimera

http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/

Beschreibung

Alternative zu PyMOL. Etwas einfacher zu bedienen aber ähnlicher Funktionsumfang.

Lizenz

Frei für Studierende/Lehrende

Verfügbar für

Win/Mac/Linux

Kristallstrukturen

Kristallstrukturen sind (innerhalb des Uni-Netzes oder mit VPN) als *cif Files verfügbar über

http://www.ccdc.cam.ac.uk/pages/Home.aspx für organische Moleküle oder
http://icsd.fiz-karlsruhe.de/ für anorganische Verbindungen
 
FreeMercury
http://www.ccdc.cam.ac.uk/Solutions/FreeSoftware/Pages/FreeMercury.aspx

Beschreibung

Mercury kann Kristallstrukturen darstellen und analysieren. Es kann jedoch keine Polyeder anzeigen.

Verfügbar für

Win/Mac/Linux

CrystalImpact

http://www.crystalimpact.com/diamond/

Beschreibung

Der Funktionsumfang von Diamond ist höher als von Mercury. Kristallstrukturen können auch als Polyeder dargestellt werden. Diamond ist nur auf wenigen Computern im Institut installiert.

Lizenz

Nicht für Studierende, Demoversion auf der Homepage des Herstellers verfügbar.

Verfügbar für

Win

Moleküldynamik (MD) Simulationen

CP2K

http://cp2k.org/about

Beschreibung

Cp2k ist eine am Institut aktiv entwickelte Software für Moleküldynamik Simulationen. Es wird auch in der Vorlesung PC VI praktisch eingesetzt. Es ist kommandozeilenorientiert. Ein graphisches Interface gibt es nicht. Die Ergebnisse können z.B. mit VMD visualisiert werden.

Lizenz

Freie und Open Source Software

Verfügbar für

Win/Mac/Linux

Nur als Quellcode verfügbar, muss für die einzelnen Plattformen erst kompiliert werden. Für Linux DIstributionen sind auch bereits fertig kompilierte Versionen verfügbar.

VMD

http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/

Beschreibung

VMD ist zwar keine MD Software, die Ergebnisse aus cp2k können jedoch mit VMD visualisiert werden.

Lizenz

Freie und Open Source Software

Verfügbar für

Win/Mac/Linux

QM Software

GAMESS

http://www.msg.ameslab.gov/gamess/

Beschreibung

Mit GAMESS kann die Struktur von Molekülen anhand von Quantenmechanischen Modellen optimiert werden. Darauf basierend werden Energien und Orbitale berechnet und es können auch IR Spektren abgeschätzt werden.
GAMESS wird aktiv am Institut weiterentwickelt und wird daher auch in den Vorlesungen (insb. PC V) eingesetzt. Das Programm ist Kommandozeilenorientiert und erfordert daher ein Graphisches Interface (s. Avogadro, MacMolPlt) zur Generierung einer Inputdatei und zum Darstellen der Ergebnisse (optimierte Struktur, Orbitale, IR Spektrum). Die Inputfiles können mit Einarbeitung auch selbst erstellt werden.

Lizenz

Frei für Studierende und Lehrende nach Registrierung. Für die Registrierung muss eine E-Mail Adresse angegeben werden, an die ein Downloadcode gesendet wird. Der Versand der E-Mail kann einige Tage dauern.

Verfügbar für

Win/Mac

G Prod

http://www.gaussian.com/g_prod/g09.htm

Beschreibung

Direkt in Gaussian können Moleküle gezeichnet und ihre elektronische Struktur optimiert werden. Der Funktionsumfang ist grösser als von GAMESS und beinhaltet neben der Berechnung von IR auch NMR Spektren.

Lizenz

Die Universität verfügt über einige Lizenzen, jedoch nicht für Studierende. Auf einigen Praktikumscomputern in AC und PC ist Gaussian 09 installiert.

Verfügbar für

Win/Mac/Linux

Literaturverwaltung

Mit einer Literatursoftware könnt Ihr Eure Quellen für Protokolle und später für Artikel katalogisieren und ordnen. Der Aufwand mag am Anfang relativ hoch erscheinen, ist aber insbesondere bei längeren Projekten überaus hilfreich. Die modernen Programme bieten eine Verknüpfung mit Officeprogrammen wie Word, LibreOffice oder LaTEX, sodass dort automatisch die Referenzen eingefügt und aktualisiert werden. Auch werden die Referenzen dann einheitlich formatiert, sofern sie korrekt eingepflegt sind. Der Wechsel zwischen den verschiedenen Programmen ist in der Regel über Import- und Exportfunktionen gut möglich.

 

Endnote

http://endnote.com/

Beschreibung

Eines der bekanntesten Literaturverwaltungsprogramme ist EndNote. Es verfügt über die klassischen Funktionen und eine Onlinesuche in verschiedenen Datenbanken, darunter dem hauseigenen Web of Knowledge.

Lizenz

Es gibt keine universitären Lizenzen für Studierende. Eine “günstigere” Studentenversion ist im Handel erhältlich.

Verfügbar für

Win/Mac

Citavi

http://citavi.com/

Beschreibung

Citavi ist eine Literaturverwaltungssoftware aus der Nähe von Zürich (Wädenswil) und vorallem im deutschsprachigen Raum weit verbreitet. Es bietet neben der klassischen Quellenorganisation auch eine Hilfe für das Sortieren von Kommentaren und Gedanken sowie eine einfache Aufgabenorganisation. Eine Version für Mac war in Planung wurde aber zwischenzeitlich wieder verworfen.

Lizenz

Mit einer UZH E-Mail Adresse kann eine Lizenz von Citavi erworben werden. Alles weitere, auch zur Einrichtung für UZH Datenbanken, findet Ihr auf den Seiten des Informatikdienstes:

http://www.id.uzh.ch/dl/sw/angebote/lit/citavi.html

Verfügbar für

Win

Mendeley

http://www.mendeley.com/

Beschreibung

Mendeley ist eine Alternative zu den anderen Literaturverwaltungen und sehr stark auf Interoperabilität zwischen verschiedenen Betriebssystemen bedacht. So gibt es auch eine iOS und Web-Version. PDF-Dokumente können auch auf den Mendeley Server hochgeladen werden und so auf den verschiedenen Geräten verfügbar gemacht werden, der kostenfreie Speicherplatz ist auf 2 GB begrenzt. Ähnlich zu anderen Cloud-Systemen können Projekte auch zusammen mit anderen Nutzern bearbeitet werden, die Gruppengrösse ist in der kostenfreien Version aber auf 3 beschränkt.

Lizenz

Ein kostenfreier Account kann direkt auf der Homepage erstellt werden.

Verfügbar für

Win/Mac/Linux/iOS

Zotero

https://www.zotero.org/

Beschreibung

Zotero war ursprünglich nur eine Browsererweiterung für Firefox, ist mittlerweile jedoch auch als eigenständige Version auf verschiedenen Plattformen verfügbar. Per Plugin können die aktuellen Webseiten auf bibliographische Informationen hin untersucht und automatisch katalogisiert werden.

Lizenz

Freie und Open Source Software

Verfügbar für

Desktopversion: Win/Mac/Linux
Plugin: Firefox/Chrome/Opera/Safari

 

Hinterlasse eine Antwort

Deine E-Mail-Adresse wird nicht veröffentlicht. Erforderliche Felder sind markiert *

Wordpress Anti-Spam durch WP-SpamShield

Loading Facebook Comments ...